剧情可以总结概括为修尔克和梅莉亚领着一群诺彭到巨神左肩春游，顺便解决了雾乃兽。
一年后，修尔克和梅莉亚乘坐废品号寻找皇都阿卡莫托，被一道激光击中坠落到了巨神左肩上。力奇的两个孩子宁宁和奇诺藏在废品号中，也来到了左肩。
四人组成小队探索这片土地，本打算前往皇都寻找维修废品号的零件，但先前往盟友海岬探索一番。在盟友海岬与高海恩塔人沟通后得知阿卡莫托被怪物占了，幸存者们逃到了盟友海岬。有一部分幸存者和机神界人生活在古岚戴尔。原本幸存者们都生活在古岚戴尔，虽然生活偶有摩擦，但还是平静的生活着。海恩塔军人一直努力着试图夺回皇都，但总是失败。目睹一切的机神界人劝他们不要再继续了。这让他们十分生气，便离开古岚戴尔来到盟友海岬。其实他们也并不是坏人，没有种族歧视，和所有人和平共处。只是失去祖国让他们脸上无光，主动搬走寻求解决方法。
盖尔嘉建议修尔克一行人通过索尔塔娜封印岛的传送装置前往阿卡莫托。
众人到达皇都，在宫殿前遇见了前去取研究资料而被”雾乃王“袭击的少年海恩塔提托。
救出提托后才知道打败的其实是雾乃兽。随后雾乃王现身，而所有攻击都对雾乃王无效，众人只能先行撤退。离开皇都后，一行人前往提托的研究所意外发现提托口中的没有血缘关系的姐姐居然是塔鲁可。
塔鲁可一路漂泊寻找葬身之地，正好皇都掉落此处。塔鲁可认为这是母后给自己安排的葬身之地，恰逢雾乃王出现。她便前往皇都，想让雾乃王杀了自己，却机缘巧合救下了提托。提托致力于研究如何让变成特雷西亚的海恩塔人恢复成人形，所以他才会不顾危险前往皇都取研究资料。提托的研究很可能是海恩塔的未来。在提托的建议，众人打算造访身处古岚戴尔的拉达姆，获取更详细的信息。
众人到达古岚戴尔，从海尔米娜口中得知，劝海岬的人们不要再继续的人就是拉达姆先生。知晓众人是提托介绍而来的拉达姆为众人讲解起一切。拉达姆是提托研究的协助者，而塔鲁可则是比提托更严重的研究狂。
雾乃王和雾乃兽被特雷西亚的以太场所影响，所以无法从皇都中出来。此时皇都周围出现了雾乃兽现身时身边的裂缝，众人决定立刻前往皇都一探究竟。
在索尔塔娜封印岛，几只雾乃兽出现袭击了众人。击倒雾乃兽后，梅莉亚提到雾乃兽是无法从皇都中出来的。修尔克认为是皇都上方的裂缝让普通怪物变成了具有攻击性的雾乃兽。梅莉亚意识到古岚戴尔有危险，古岚戴尔的母甲兽很可能变成雾乃兽了。众人回到古岚戴尔，击倒变成雾乃兽的母甲兽。拉达姆注意到裂缝的扩大将继续影响更多生物。裂缝的影响已经到古岚戴尔了，再不采取行动，所有生物都会被影响。提托的研究对此至关重要，众人商议决定前往提托的研究所。